IDEXX SARS-CoV-2 (COVID-19) RealPCR 테스트

분석법 확인 및 교차 반응 연구

IDEXX Reference Laboratories에서는 사람에게 발생한 바이러스의 공개된 염기 서열의 고유 정렬을 기반으로 SARS-CoV-2 (COVID-19)를 검출하는 새로운 real-time PCR 테스트를 개발했습니다. IDEXX SARS-CoV-2 (COVID-19) RealPCR 테스트는 모든 분석법 확인 요건을 충족했습니다. 특이도 연구에서 새로운 PCR 테스트는 반려동물에게 영향을 미치는 일반적인 수의학 관련 코로나바이러스에 대해 아무런 교차 반응을 보이지 않았습니다. 마찬가지로, 현재 이용 가능한 수의학 관련 코로나바이러스용 RealPCR 테스트로는 합성된 COVID-19 핵산을 검출하지 못함이 증명되었습니다. IDEXX RealPCR 검사는 미국의 캘리포니아주 웨스트 새크라멘토에 있는 분자 진단(PCR) 검사실의 표준 real-time PCR 플랫폼에서 설계 및 수행되었습니다. IDEXX에서는 4,000여 마리 이상의 개, 고양이, 말 검체를 새로운 IDEXX SARS-CoV-2 (COVID-19) RealPCR 테스트로 검사했습니다. 이용된 동물 환자 검체는 2020년 2월 14일부터 시작해 4주가 넘는 기간 동안 제출되었습니다. 검사 개발과 검증을 위해 이용된 검체들은 respiratory PCR 패널 검사를 위해 IDEXX Reference Laboratories 에 의뢰된 검체들이었습니다. 이 검체들은 미국과 한국에서 제출되었던 검체이고, 시애틀 지역처럼 현재 인간 COVID-19 사례를 겪고 있는 지역들의 검체를 포함했습니다. 동일한 검체는 질병통제예방센터(CDC)의 3가지 측정법으로도 동시에 검사를 진행했습니다. 3월 중순자로, IDEXX는 모니터링을 캐나다 및 유럽 국가들로 확대하고 있으며, COVID-19 의 사람 감염율이 높은 지역들도 포함될 것입니다. 4월 중순까지, SARS-CoV-2 바이러스에 대해 5,000개가 넘는 검체가 테스트 되었으며, 검사를 진행한 모든 검체에서 음성이었습니다.

측정법 설계 및 분석법 확인

IDEXX SARS-CoV-2 (COVID-19) RealPCR 테스트는 CDC의 측정법에 이용된 동일한 뉴클레오캡시드 유전자를 표적으로 합니다. 해당 표적은 IDEXX의 표준화된 플랫폼의 융해 온도와 분석 조건에 높은 보존을 나타내며 최적화되었습니다. 우선, 300개 이상의 공개된 유전자 서열에 대한 blast 서열 분석을 수행한 후, 합성된 양성 대조군을 이용하여 측정법의 성능 확인을 위한 절차를 진행하였는데, 증폭 효과, 단일 실험 및 반복 실험에서의 재현성, 상관관계 확인, 정립된 시그널과 노이즈의 기준 등을 모두 충족하였습니다. 또한, 확인 차원에서 CDC에서 이용하는 3가지 측정법을 IDEXX 측정법과 동시에 실행했습니다. 3가지 확인 측정법은 CDC에서 채택한 것으로, 2020년 1월 24일에 발표된 바 있습니다.1,2

IDEXX 에 의뢰된 검체 중 개 호흡기 코로나바이러스, 개와 고양이의 장 코로나바이러스, 말의 장 코로나바이러스 양성 검체들과 동물용 합성 코로나바이러스 표적물질을 이용하여 4가지 측정법(SARS-COV-2) 모두에서 종간 교차 반응이 없음을 확인하였습니다. Real-time PCR 분석법 확인 및 스크리닝 과정에서 다음의 정도관리를 수행하였습니다. 

  • 음성 추출 대조군(NEC): 모든 음성 추출 대조군은 PCR에서 음성을 기록했습니다.
  • 분석 전 검체 품질 확인을 위해 내부 대조 유전자의  real-time TaqMan® PCR 을 수행했습니다. 모든 검체가 검체 품질 관리를 통과했습니다.
  • PCR 음성 대조군: 모든 PCR 음성 대조군이 음성을 기록했습니다.
  • PCR 양성 대조군: 모든 PCR 양성 대조군(합성된 양성 대조군)은 검사에서 양성을 나타냈습니다.
  • 환경 오염 모니터링: PCR 검사실 내 여러 장소에서 채취한 검체는 모두 음성을 기록했습니다.

또한, IDEXX에 의뢰되어 개 호흡기 코로나바이러스, 개와 고양이 장 코로나바이러스, 말의 장 코로나바이러스에 양성이 확인된 검체도 SARS-CoV-2의 모든 측정법으로 스크리닝 하였고 모두 음성을 나타냈습니다.

선별 검사 방법

검사에 사용한 검체는 개 호흡기, 고양이 호흡기, 말 호흡기, 고양이 설사, 개 설사, 말 설사에 대한 IDEXX RealPCR 진단 검사를 위해 의뢰된 검체들 중 무작위로 선정했습니다. 검사에 사용한 원검체는 면봉 [대부분 인두 깊숙한 곳(목구멍) 과 결막(눈) 의 면봉 채취] 및 분변을 포함합니다. 2월 14일에서 3월 12일까지 3,500여 개 이상의 검체를 검사했습니다.

  • 검사에 사용한 검체는 미국 50개 주 전역 및 한국에서 제출되었습니다.
  • 검체 중 55%는 개, 41%는 고양이, 4%는 말에서 채취되었습니다.
  • 77%는 호흡기 검체, 23%는 분변 검체였습니다.

 

참고 문헌

  1. Centers for Disease Control and Prevention, Division of Viral Diseases. CDC 2019-Novel Coronavirus (2019-nCoV) Real-Time RT-PCR Diagnostic Panel Instructions for Use. CDC publication CDC-006-00019, Revision: 02. www.fda.gov/media/134922/download. 2020년 3월 15일부로 발효. 2020년 3월 16일 월요일에 액세스.
  2.  Centers for Disease Control and Prevention, Division of Viral Diseases. Research Use Only Real-Time RT-PCR Protocol for Identification of 2019-nCoV. www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/lab/rt-pcr-detection-instructions.html. 2020년 3월 14일 업데이트. 2020년 3월 16일 월요일에 액세스.